کلاستربندي سطرهاي ماتريس SNP به دو دسته براساس شباهت سطرها به همديگر توسط متلب

شرح پروژه

ماتريسي متشکل از 0 ها و 1 ها را بر اساس تشابه سطرها توسط دو روش SOM و Fuzzy C-means به دو دسته تقسيم نمايد . نرخ بازسازي در اين دو روش با هم مقايسه شوند مرحله 1 :مقداردهي اوليه ساختن Cm*m و مقداردهي اوليه کردن Dm*2 توسط جفتي از قطعات اختياري به عنوان هاپلوتايپ هاي مخفي . نرخ آموزش α و β را تنظيم کنيد و بيشترين تعداد دورهاي MaxIter را نيز تنظيم نماييد . بشکل تصادفي W(0)n*2 را مقداردهي اوليه کنيد و t=0 قرار دهيد . مرحله 2 : آموزش زيرمرحله 2-1 : بين تمام قطعات snp از يک تا m بشکل تصادفي يک قطعه snp ، i را با بردار ورودي X=ei انتخاب کنيد . تابع فاصله را حساب کنيد و يک نرون برنده j را بدست آوريد . زير مرحله 2-2: بردارهاي مشابهت yi و zj توسط معادله و حساب کنيد . وزن اتصال ماتريس W(t+1) را توسط فرمول هاي و بدست آوريد . زير مرحله 2-3 : زير مرحله 2-1 و 2-2 را تکرار کنيد تا زماني که تمام قطعات snp آموزش ببينند . سپس به زير مرحله 2-4 برويد . زير مرحله 2-4 : اگر نرخ يادگيري بکار برده مي شود ، پارامترهاي α و β را بروز کنيد .اگر ‖W(t+1)-W(t)‖MaxIter باشد به مرحله 3 برو ، در غير اينصورت جفتي از هاپلوتايپ هاي مخفي را بر مبناي وزن هاي اتصال جديد از SOM استخراج کن و Dm*2 را بروز کن . t=t+1 قرار بده و به مرحله 2-1 برويد . مرحله 3 : خروجي قطعه هاي SNP را به دو مجموعه F1 و F2 بر طبق نرون هاي برنده نهايي کلاسه بندي کن . جفتي از هاپلوتايپ هاي (H_1,H_2 ) بعنوان خروجي توسط معادله برگردانده مي شود .


زیرساخت:
نرم افزار متلب


قابل تحویل:

این پروژه شامل 1 فایل مهم است، لطفا قبل از ارسال پیشنهاد حتما نسبت به بررسی این فایل اقدام فرمایید.

مهارت ها و تخصص های مورد نیاز

درباره کارفرما

taghavi

عضویت ده سال پیش

1 پروژه ثبت شده ،

0 پروژه در حال انجام ،

0 پروژه آماده دریافت پیشنهاد ،

نرخ پذیرش پیشنهاد 100%