104264 پروژه انفورماتیک

---

شرح پروژه

#پروژه_جدید
#کدپروژه : 104264
موضوع : پروژه انفورماتیک =/
سلام وقت بخیر
ببخشید من یک  کار بیوانفورماتیک داشتم
شما انجام میدید ؟

امتحان
جملاتی برای ارائه در سخنرانی

سخنرانی:
شناسایی باکتری‌ها از طریق تحلیل 16S rRNA
• مقدمه‌ای درباره 16S rRNA
• کشت‌های آزمایشگاهی: جداسازی DNA، PCR، لیگاسیون، ترنسفورماسیون و …
(نمایش ژل، برای مثال → با برچسب‌گذاری)
• تصویر ژل حاصل از کلونی-PCR
• مونتاژ توالی در Staden Package (اسکرین‌شات از Staden و توضیح اینکه چه کارهایی انجام شد)
• جستجوی BLAST: تصویر نتایج جستجو
• نمایش درخت فیلوژنتیک در MEGA + توانایی توضیح آن
(تأیید نتایج BLAST + نزدیک‌ترین خویشاوندان و …)

کشت‌های باکتریایی → فقط از نظر تئوری مطرح می‌شود، بخشی از ارائه نیست،
اما در ارائه به‌صورت مختصر workflow ذکر شود → پیگیری با دو روش

اختیاری:
آماده‌سازی توالی‌ها در FLASH قبل از BLAST محلی → سپس تحلیل در MEGAN

به‌صورت موازی با MEGAN: Mothur
→ توضیح مختصر مراحل (آماده‌سازی، تحلیل: تنوع آلفا و بتا، چه بر اساس ASV چه OTU)
→ نمایش نمودارهای تنوع آلفا (دایره‌ای، PCoA)
→ و تنوع بتا (هیت‌مپ، درخت و …)

برای مراحل پردازش در Mothur یک مرور کوتاه کافی است،
برای BLAST محلی نیز حداکثر ۱ تا ۲ اسلاید → سپس MEGAN.

آمار:
AMOVA و HOMOVA در ارائه → دریافت جامعه میکروبی → محاسبه معنی‌داری.

اختیاری، اگر زمان باشد:
چه چیزهایی را می‌توان در MetagenAssist نمایش داد؟

طول ارائه:
۱۲ دقیقه، حداکثر ۱۵ دقیقه

باید یک ارائه انجام بدم

به ترتیب این کار ها باید داخل ارائه ام باشه و توضیح بدم

در قالب پاورپوینت باید جمع آوری بشه

اینم دو تا Sequenz
که باید در Staden package  مونتاژ بشن
بعدش جست و جو در Blast و نمایش درخت فیلوژنتیکو...
۲ روز زمان دارم

این پروژه شامل 2 فایل مهم است، لطفا قبل از ارسال پیشنهاد حتما نسبت به بررسی این فایل اقدام فرمایید.

مهارت ها و تخصص های مورد نیاز

---

---