پروژه پژوهشی (119739)
شش سال پیش منتشر شده
تعداد بازدید: 261
کد پروژه: 150743
شرح پروژه
🔢 کد پروژه: 119739
📌 عنوان پروژه: پروژه پژوهشی
سلام وقت بخیر ببخشید یک پروژه داکینگ و داینامیک مولکولی برای بررسی اتصال یک دارو به ۴ پروتیین دارم،ایاانجام میشه، دارو رایجه ولی پروتیین ها ماله نوعی قارچ مخمری هست
آماده‌سازی ساختارها
تهیه و بررسی ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها از منابع معتبر مانند PDB یا در صورت نیاز AlphaFold.
آماده‌سازی ساختار پروتئین‌ها و لیگاند، شامل حذف مولکول‌های غیرضروری، افزودن هیدروژن‌ها، بررسی پروتوناسیون و تعیین بارها.
بررسی و توجیه جایگاه اتصال (Binding Site).
۲. Molecular Docking
انجام داکینگ با AutoDock Vina یا AutoDock4.
بررسی و انتخاب بهترین حالت‌های اتصال (Binding Poses).
تحلیل امتیاز اتصال، پیوندهای هیدروژنی، برهم‌کنش‌های هیدروفوبیک و سایر برهم‌کنش‌های احتمالی.
در صورت وجود ساختار بلوری دارای لیگاند مرجع، انجام Redocking و اعتبارسنجی روش با RMSD.
نمایش و تحلیل ساختارها با PyMOL یا ChimeraX.
۳. Molecular Dynamics (MD)
انجام شبیه‌سازی با GROMACS.
استفاده از Force Field مناسب برای پروتئین و لیگاند و توضیح نحوه پارامتردهی لیگاند.
انجام مراحل Energy Minimization، NVT، NPT و Production MD.
اجرای شبیه‌سازی‌های مستقل برای بررسی تکرارپذیری نتایج.
مدت شبیه‌سازی Production برای هر سیستم حداقل 100 ns، در صورت امکان محاسباتی.
۴. تحلیل نتایج MD
RMSD
RMSF
Radius of Gyration (Rg)
Hydrogen Bonds
Protein–Ligand Interaction/Distance Analysis
در صورت امکان MM/PBSA یا MM/GBSA برای برآورد انرژی آزاد اتصال.
۵. خروجی‌های موردنیاز
فایل‌های ورودی و خروجی نرم‌افزارها
ساختارهای نهایی و فایل‌های trajectory
نمودارها و تصاویر با کیفیت مناسب مقاله
گزارش روش‌شناسی، پارامترهای شبیه‌سازی و نتایج قابل استفاده در مقاله
توضیح کامل نرم‌افزارها، نسخه‌ها و تنظیمات استفاده‌شده
لطفاً مشخص بفرمایید:۱. تعداد دقیق سیستم‌ها و تکرارهای مستقل MD چقدر خواهد بود؟
. کنترل‌ها دقیقاً شامل چه سیستم‌هایی هستند؟
. آیا اعتبارسنجی داکینگ و تحلیل MM/PBSA در هزینه اعلام‌شده لحاظ شده‌اند؟
آیا فایل‌های خام و خروجی‌های قابل بازتولید نیز تحویل داده می‌شوند؟
هزینه هر مرحله به‌صورت جداگانه چقدر است؟
سلولی مولکولی، یک کار پژوهشی هست، اما کامل و جامع میخام
مهارت ها و تخصص های مورد نیاز
بودجه
25,000 تومان تا 500,000 تومان
مهلت برای انجام
4روز
وضعیت مناقصه
باز (آماده دریافت پیشنهاد)
درباره کارفرما
عضویت سیزده سال پیش
