59040 - پروژه بیوانفورماتیک
یک روز پیش منتشر شده
تعداد بازدید: 62
کد پروژه: 611196
شرح پروژه
درس بیوانفورماتیک .
رشته ارشد ژنتیک
نرم افزارها در درخواست استاد گفته شده نرم افزار نیست . در اصل سایت ژنی هستن داده ها رو وارد میکنیم و تحلیل رو میده-
بعد از « انتخاب ژن و دریافت توالی از genebank » 1. هم ردیف کردن با megalign یا clustal omega 2. طراحی پرایمر با primer3 و آنالیز با oligo analyzer و primerblast 3. پیدا کردن نقش برش ژن انتخاب شده در NeB cutter 4. بررسی ساختار ثانویه ژن در mfold و unafold 5.دریافت توالی ترجمه شده پروتئین از ژن در DNA Translation tool 6. آنالیز ساختار اول پروتئین با protparam- pepdraw- compute pi/MW- peptide mass 7. پیدا کردن محل برش در پروتئین با peptide cutter 8.آنالیز ساختار دوم پروتئین با Protscale- PSipred- Dianna 9. ساخت ساختار سه بعدی از پروتئین با swiss model و با انالیز نمودار ramachandran و ذخیره ساختار سه بعدی در فرمت PDB 10. بررسی ساختار بدست آمده در pymol 11. پیش بینی ساختار اپی توپ خطی B cell در سایت IEDBو bcepred. 12. پیش بینی ساختار اپی توپ فضایی B cell در سایت http://tools.iedb.org/discotope/ 13. پیش بینی اتصال MHC کلاس یک در IEDB 14. پیش بینی اتصال MHC کلاس دو درIEDB و TepiTool 15. پیش بینی ساختار آنتی ژن در VaxiJen 16. بررسی جهش ژن انتخاب شده در clinvar 17. بررسی جهش در polyphen. و mutpredو Mutationassessor و proven 18. بررسی شبکه پروتئین با string (همه گزینه های گفته شده در جزوه ) 19. بررسی یک مسیر سلولی در kEGG 20. پیدا کردن جایگاه برش در net corona 21. پیدا کردن جایگاه گلیکوزیلاسیون در NetnGlyc 22. پیش بینی ساختار سه بعدی پروتئین در Phyro 23. ساخت شکل پروتئین در protter تکلیف هفته پیش: 24. پروتئین ژن انتخاب شده رو در uniprot بررسی کنید و بخش هایی که توی جزوه گفته شده رو انجام بدید 25. در mirbase یک mir مرتبط با ژنی که از اول انتخاب کردید سرچ کنید و بررسی کنید در تنظیم چه ژن هایی اثر داره. 26. در mirwalk یه بار ژن و ارگانیسم را مشخص کرده و mir های مرتبط را پیدا کنید. 27. در mirwalk ارگانیسم و mir را وارد کرده و ارتباط ان با ژن رو بررسی کنید 28. در Target scan مثل چیزی که برای mirwalkگفته شد انجام بشه 29. در mirecords یک mir را وارد کرده و ارگانیسم را مشخص کرده و ژن نتیجه را بررسی کنید 30. بررسی بیان mir در بافت های محتلف در Mited •••تکالیف مرتبط با فایل پنج: 31. توالی پروتئین یا ژن را برای یک ارگانیسمی در oligo analyzer ، بهینه و optimize کنید 32. مشابه تکلیف قبلی در optimizer فرایند codon optimization را انجام دهید
-
نمونه کار بچه های کلاس . البته کامل نیست. ضمیمه
این پروژه شامل 1 فایل مهم است، لطفا قبل از ارسال پیشنهاد حتما نسبت به بررسی این فایل اقدام فرمایید.
مهارت ها و تخصص های مورد نیاز
بودجه
500,000 تومان تا 1,500,000 تومان
مهلت برای انجام
3روز
وضعیت مناقصه
باز (آماده دریافت پیشنهاد)
درباره کارفرما
عضویت هشت سال پیش
