پروژه شبیه سازی 93838

شرح پروژه

سلام

یک فایل pdb دارم میخوام شبیه سازی رو انجام بدم 

gromacs

charmm36

اما خطا میده 

میتونین یک فایل pdb درست بدون خطا بدین بهم .من فایل اصلی رو میدم

gromacs

ببین من محقق آزاد هستم 

رشتم مهندسی شبکه هست

اما دارم روی نورون مطالعه آزاد میکنم

فایلم داخل یک ماشین مجازی الان متصل سدم فایل رو تبدیل میکنم چون داخل لینوکسه 

براتون الان ارسال میکنم

All occupancies are one

Opening force field file /usr/share/gromacs/top/charmm36-2019.ff/atomtypes.atp

Reading residue database... (Charmm36-2019)

Opening force field file /usr/share/gromacs/top/charmm36-2019.ff/merged.rtp

Opening force field file /usr/share/gromacs/top/charmm36-2019.ff/merged.hdb

-------------------------------------------------------

Program:     gmx pdb2gmx, version 2023.3-Ubuntu_2023.3_1ubuntu3

Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.cpp (line 107)

Fatal error:

Error in hdb file charmm36-2019.ff/merged.hdb:

Wrong number of control atoms (4 instead of 3) on line:

1   1   H8   C8   N9   N7       0.09    ! 8-hydrogen

این خطاشه

اینم فایلی هست که هیدروژن رو اضافه کرده بودم بهش

اونجور که من متوجه شدم باید با  -ter خودمون ساختار ابتدا و انتهای اتم رو بچشبونیم 

کلی داشتم از این خطاها حالا رسیدم به اینجا 

نمیخوام عنصری حذف بشه 

میخوام  با  charmm36 فقط کار کنه 

GTP

هم حذف نشه

میشه کاری کرد ؟؟

GTP     11

1   5   H5'  C5'  O5'  C4'      0.09    ! 5'-hydrogen

1   5   H5'' C5'  O5'  C4'      0.09    ! 5''-hydrogen

1   5   H4'  C4'  C5'  O4'      0.09    ! 4'-hydrogen

1   5   H1'  C1'  O4'  N9       0.09    ! 1'-hydrogen

1   1   H8   C8               0.09    ! 8-hydrogen

2   3   H6   N6   C6   C5       0.09    ! 6-hydrogen

1   1   H2   C2   N1   N3       0.09    ! 2-hydrogen

1   5   H3'  C3'  C4'  C2'      0.09    ! 3'-hydrogen

1   5   H2'' C2'  C1'  C3'      0.09    ! 2''-hydrogen

1   2   H2'  O2'  C2'  C1'      0.09    ! 2'-hydrogen

1   2   H3T  O3'  C3'  C2'     -0.09    ! 3'-terminal hydrogen

 حالت های مختلف اینم تست کردم نشد

درست میشه؟؟؟

مغز و اعصاب نورون مغزی

ببین داخل نورون یک ساختار آب گریز و لیپیدی هست که من کل اونو جهت شبیه سازی لازم دارم

یون های کلسیم و پتاسیم و کل غشا نورون 

و داخل خود نورون مغزی

این پروژه شامل 3 فایل مهم است، لطفا قبل از ارسال پیشنهاد حتما نسبت به بررسی این فایل اقدام فرمایید.

مهارت ها و تخصص های مورد نیاز

درباره کارفرما

Hamyarprozhe

عضویت دوازده سال پیش

54959 پروژه ثبت شده ،

38 پروژه در حال انجام ،

206 پروژه آماده دریافت پیشنهاد ،

نرخ پذیرش پیشنهاد 15%